Í VM er formaður kjörinn til fjögurra ára í senn en stjórnarmenn og varamenn til tveggja ára. Kosið er með póstkosningu um einstaklinga og sér sérstök uppstillinganefnd um að stinga upp á félagsmönnum til kjörs sem endurspegla breidd félagsins. Allir fullgildir félagsmenn geta boðið sig fram til stjórnar og varastjórnar hafi þeir stuðning 20 fullgildra félagsmanna. Koma þarf framboði á framfæri á sérstökum félagsfundi uppstillinganefndar sem haldinn er vegna stjórnarkjörs.
Sérstakt fulltrúaráð er einnig starfandi hjá félaginu. Hlutverk þess er að mynda öflugt bakland stjórnar við félagsmenn og fá fleiri félagsmenn að hugmyndavinnu um þróun og starfsemi félagsins.
Gert er ráð fyrir að sett verði upp sérstök kjaranefnd sjómanna. Kjaranefndin er fastanefnd og starfar allt árið. Hlutverk hennar er þríþætt:
- Að fjalla um hagsmunamál sjómanna innan félagsins og gera tillögur að afgreiðslu þeirra í stjórn.
- Að fylgjast með kjörum sjómanna og bera saman við kjarþróun hjá öðrum hópum.
- Að annast kjarasamninga sjómanna.
Heimilt er að stofna aðrar sambærilegar kjaranefndir.
Þriggja manna stjórnir eru einnig kostnar á aðalfundi fyrir sérsjóði félagsins; Styrktar- og sjúkrasjóð, Fræðslusjóð og Orlofssjóð.